Shoto Kazama, un ragazzo che non è mai riuscito a vincere ai giochi di carte a causa della sua abitudine di rinunciare facilmente alle cose, entra nel mondo immersivo di Digimon Liberator tramite l'invito della sua amica d'infanzia, Arisa Kinosaki. Il gioco consente ai giocatori di impegnarsi in battaglie di carte altamente realistiche. All'inizio, Shoto è titubante, ma attraverso i suoi avvincenti incontri con i Digimon, diventa un fan del gioco. L'incontro con il Digimon selvatico Pteromon e battaglie con NPC che sono diventati ribelli mettono in moto le ruote del destino per Shoto e i suoi compagni.