Lo scenario presentato da Charlotte è quello di un mondo in cui una piccola percentuale della popolazione adolescente può sviluppare i più disparati poteri speciali. Tra questi vi è Yuu Otosaka, un liceale, che tiene nascosto il suo potere, e conduce una vita piuttosto normale. L’incontro con una ragazza di nome Nao Tomori, darà il via a una serie di eventi, che segneranno l’inizio di un crudele destino.